Nel 2003-04 cominiciò la stagione da titolare, ma il perdurare dei problemi fisici lo portò alla rescissione anticipata del contratto
Era il titolarissimo e, fino a quando le condizioni fisiche lo hanno permesso, ha mantenuto fede alle premesse. Poi, però, non è stato possibile proseguire e, a fine carriera, ha deciso di interrompere la sua permanenza al Palermo, con la rescissione anticipata del contratto.
E’ così che si può riassumere la permanenza in rosanero di Gianluca Atzori, nato il 6 marzo 1971 e che oggi compie 50 anni, attuale allenatore e, in passato, difensore tra le altre anche del Palermo nel 2003-04, la stagione che segnò il ritorno dei rosanero in serie A. In quel torneo partì titolarissimo, ma poi, sul finire del girone di andata, i problemi fisici ebbero la meglio. Restò in disparte per alcune partite e, alla fine, decise di interrompere il proprio rapporto con la società rosanero, dopo 17 presenze in campionato ed una in Coppa Italia.
Alla fine, però, ha potuto fregiarsi anche della promozione del Palermo in serie A e, quindi, subito dopo ha cominciato la carriera da allenatore, diventando uno dei migiori allenatori tra serie B e serie C.